Организатором Онежской регаты традиционно выступают спорткомитет и правительство республики Карелия. На протяжении долгих лет своего существования Онежская регата имела многолетних спонсоров, таких как газета "Советская Россия" или Беломорско-Онежское пароходство. В настоящее время с постоянными спонсорами  у регаты не ладится, но большую помощь в организации оказывают карельские гонщики и ассоциации классов-участников.